Les Principes de la Philosophie de Descartes (1647) proposent au lecteur, en un seul ouvrage, une philosophie réunissant et coordonnant de manière originale tout ce qui relevait jusque là de sciences distinctes et plus ou moins indépendantes les unes des autres : la « physique », l’« astronomie », la « métaphysique ». L’ouvrage, parfaitement didactique, vise à remplacer les manuels scolaires de l’époque, figés dans un aristotélisme dont la révolution scientifique des XVIe et XVIIe siècles a précipité la ruine. Après Copernic, Tycho Brahe, Galilée et Kepler, à l’époque du télescope qui a soudain ouvert l’espace d’un nouveau monde, continuer d’enseigner la Physique ou le Traité du Ciel dans les écoles, comme si rien n’avait changé, eût tenu du déni de réalité et de l’affront au bon sens. Mais, sans céder à la facilité d’une polémique unilatérale contre un savoir périmé, les Principes retournent cet aristotélisme critiqué contre le scientisme d’une époque parfois tentée d’enterrer, avec l’aristotélisme, l’idée même de philosophie. D’où l’ambiguïté d’un ouvrage où les frontières entre la critique et la réappropriation de la tradition ne sont pas toujours évidentes. D’où, aussi, la radicalité et l’envergure d’une œuvre qui expose, en ordre, une nouvelle théorie de la connaissance, de la matière corporelle, du mouvement, de la lumière, du ciel d’où celle-ci nous parvient, et enfin du monde comme le lieu absolu de leur apparition. Ce monde n’est pas seulement l’espace, sans qualités, que hantent des corps sans esprit ; c’est un monde immense, à la fois parfait et ouvert, à la fois évident et mystérieux, car le ciel étoilé cèle dans son immensité le secret de son ordre. Les Principes consacrent la philosophie à la considération de cette nouvelle énigme.