Dans une lettre du 4 août 1645 à Constantin Huygens, Descartes déclarait avoir déjà écrit tout le peu qu’il savait touchant la chimie dans la quatrième partie de ses Principes. Il avait en effet consacré quatre-vingt-huit articles de cet ouvrage (près d’une cinquantaine de pages) à cette discipline. Descartes n’avait pas eu l’intention d’écrire un traité de chimie, comme le souhaitait son ami Huygens, ayant pleine conscience de l’insuffisance de ses expériences de laboratoire ; il n’espérait pas même faire progresser cette science, dont il connaissait à la fois l’importance pratique et les insuffisances théoriques. Les théories de son temps, qu’on les appelle chimiques ou alchimiques (Descartes, comme ses contemporains, considérait les deux termes comme équivalents) lui semblaient inacceptables au regard de ses propres conceptions concernant la structure de la matière. Il s’agissait donc simplement pour lui de proposer des explications des diverses opérations chimiques qui fassent l’économie des thèses paracelsiennes alors dominantes et de remplacer l’invocation d’une présence agissante des principes chimiques (Mercure, Soufre et Sel) par des explications mécaniques ne faisant intervenir que la taille, la figure et le mouvement des corpuscules. Descartes, qui tout au long de sa vie, avait critiqué sans ménagement les théories alchimiques (sans pourtant contester la possibilité de la transmutation des métaux), semblait accorder la plus grande importance à ses développements chimiques : le soin avec lequel il tente d’expliquer aussi bien la formation souterraine et les propriétés des corps chimiques que des opérations telles que la combustion ou la fermentation montre bien qu’à ses yeux tout cela avait autant d’importance que les lois du choc des corps ou la doctrine des tourbillons qu’il avait exposés dans les pages précédentes, et qui constituent à nos yeux des aspects essentiels de sa physique. Là encore, il entendait mettre en évidence la fécondité d’une théorie de la matière débarrassée de toute attache avec les doctrines antérieures. Pourtant, même si quelques chimistes affirmèrent par la suite leur filiation avec le cartésianisme, comme Robert Boyle ou Nicolas Lémery, aucun ne reprit jamais à son compte le détail des explications cartésiennes des Principia qui tombèrent rapidement dans l’oubli. Bien plus, et cela jusqu’à nos jours, rares sont les historiens des sciences ou de la philosophie à avoir tenté d’interpréter ces pages obscures, de les replacer dans le vaste édifice métaphysico-physique que Descartes voulait construire ou de les mettre en relation avec les théories chimiques ou alchimiques de son temps. Ce sont les raisons de cet oubli historique de la chimie cartésienne que je voudrais essayer de comprendre. Les articles chimiques de la quatrième partie des Principia philosophiae ont en réalité fait l’objet d’une véritable occultation : préférant s’attacher à des liens imaginaires que Descartes aurait entretenu avec les milieux hermétiques, les commentateurs, hier comme aujourd’hui, ont ignoré le lieu où se déployait véritablement la chimie de Descartes. Ce déni a été renforcé à l’époque moderne par une confusion constante sur le statut de l’alchimie, dans laquelle on a refusé de voir la véritable chimie de l’époque. C’est ainsi à la fois une part importante de la conception cartésienne de la matière et la place de la chimie dans les processus de la Révolution scientifique qu’il convient aujourd’hui de réévaluer.