Fontenelle louait la philosophie cartésienne d'avoir «entrepris de réduire à la simple mécanique corpusculaire» la chimie jusque là si fière de son obscurité. A la même époque, Stahl estimait qu'en définissant le sel comme un composé de «particules aiguës, anguleuses et oblongues», on n'en donnait pas l'idée réelle et véritable que réclamait la chimie. Le fait est qu'en dehors du Cours de chymie de Lemery qui, en dépit de son succès populaire, eut peu d'impact sur les théories chimiques du XVIIIe siècle, la théorie cartésienne de la matière ne semble guère avoir inspiré les chimistes. A la différence de Mersenne et Gassendi, ou plus tard Spinoza et Leibniz, Descartes ne s'intéressait guère à la chimie, estimant que, faute d'expériences nouvelles, il n'avait rien à ajouter aux remarques sur la nature des minéraux et du feu que la théorie des tourbillons lui avait inspirées dans la quatrième partie des Principes de la philosophie. Ce désintérêt est étonnant, si l'on considère l'importance prise par la philosophie chimique dans la contestation de la scolastique au début du XVIIe siècle, l'institutionnalisation progressive des cours de chimie en dehors de l'Université, ou l'importance des idées paracelsiennes dans les débats sur le renouveau de la médecine, auquel Descartes entendait pourtant contribuer activement. Tout se passe comme si, à la différence de ses contemporains, Descartes n'avait aperçu dans les débats chimiques de son temps que la survivance d'une alchimie médiévale supposée obscure et confuse. Est-ce pour cela que l'esprit cartésien ne semble guère avoir pénétré la chimie, telle qu'elle se développa jusqu'au milieu du XVIIIe siècle ? Hier comme aujourd'hui, ce sont les ambiguïtés et les difficultés d'une science de la matière distincte de la physique et de sa mathématisation qui se trouvent mises en lumière par les réticences cartésiennes.