Deep intronic NIPBL de novo mutations and differential diagnoses revealed by whole genome and RNA sequencing in Cornelia de Lange syndrome patients. - Université de Lille Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Human Mutation Année : 2022

Deep intronic NIPBL de novo mutations and differential diagnoses revealed by whole genome and RNA sequencing in Cornelia de Lange syndrome patients.

J. Coursimault
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K. Cassinari
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F. Lecoquierre
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O. Quenez
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S. Coutant
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C. Derambure
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M. Vezain
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N. Drouot
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G. Vera
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E. Schaefer
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A. Philippe
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B. Doray
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L. Lambert
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M. Rama
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M. Legendre
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D. Lacombe
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P. F. Maurin
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R. Olaso
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A. Boland
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J. F. Deleuze
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A. Goldenberg
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P. Saugier-Veber
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G. Nicolas
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Résumé

Cornelia de Lange syndrome (CdLS; MIM# 122470) is a rare developmental disorder. Pathogenic variants in 5 genes explain approximately 50% cases, leaving the other 50% unsolved. We performed whole genome sequencing (WGS) ± RNA sequencing (RNA-seq) in 5 unsolved trios fulfilling the following criteria: (i) clinical diagnosis of classic CdLS, (ii) negative gene panel sequencing from blood and saliva-isolated DNA, (iii) unaffected parents' DNA samples available and (iv) proband's blood-isolated RNA available. A pathogenic de novo mutation (DNM) was observed in a CdLS differential diagnosis gene in 3/5 patients, namely POU3F3, SPEN, and TAF1. In the other two, we identified two distinct deep intronic DNM in NIPBL predicted to create a novel splice site. RT-PCRs and RNA-Seq showed aberrant transcripts leading to the creation of a novel frameshift exon. Our findings suggest the relevance of WGS in unsolved suspected CdLS cases and that deep intronic variants may account for a proportion of them.

Dates et versions

hal-04193919 , version 1 (01-09-2023)

Identifiants

Citer

J. Coursimault, K. Cassinari, F. Lecoquierre, O. Quenez, S. Coutant, et al.. Deep intronic NIPBL de novo mutations and differential diagnoses revealed by whole genome and RNA sequencing in Cornelia de Lange syndrome patients.. Human Mutation, 2022, Human Mutation, ⟨10.1002/humu.24438⟩. ⟨hal-04193919⟩

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